该联邦法于1999年6月7日颁布，自颁布之日起30天后生效，其有效期自生效之日起至2014年12月31日止。马加丹特别经济区如需提前清理，必须就此通过专门的联邦法。
根据《俄联邦马加丹特别经济区法》，马加丹特别经济区系指位于马加丹市行政区内、依照该法建立经济活动特别法律制度的地区；特别经济区的参加者（以下简称“参加者”）可以是作为经营机构的法人，也可是作为个体业主的自然人，二者在特别经济区内从事经营活动均需办理专门注册，其在特别经济区内的固定资产不得少于其固定资产总额的75%。马加丹特别经济区实行专门的税收和海关制度。
1.税收制度：
——自本联邦法正式生效之日至2005年12月31日，在特别经济区内以及马加丹州境内从事经营活动的参加者可免交应向联邦财政交纳的税费（应上缴联邦退休基金和联邦社会保险基金的款项除外）；
——自2006年1月1日至2014年12月31日，在特别经济区和马加丹州从事经营活动的参加者用于在马加丹州境内投资发展生产和社会领域的利润可免交利润税。
2.海关制度：
——参加者可根据俄联邦海关法典第12章为自由海关区海关制度规定的程序和条件并考虑到本联邦法的特殊性，向特别经济区运入、在其境内安置和使用或从特别经济区运出俄罗斯商品和外国商品；
——在特别经济区内可从事与使用俄罗斯商品和外国商品相关的生产活动、其他经济活动以及零售业务；
——参加者在将因自身生产所需而购买的和在马加丹州境内使用的外国商品从特别经济区运往马加丹州其他地区时，可免交进口关税和俄联邦国家海关委员会规定的在办理商品海关手续时应交纳的其他费用（海关规费除外）；
——当参加者将上述外国商品从马加丹州运往俄联邦其他海关境域时，如该商品经过加工并符合俄联邦海关法规定的深加工标准，可将其视为俄罗斯商品，免征进口关税并免收办理海关手续时的费用；
——参加者将在特别经济区生产的商品运往俄联邦其他海关境域或俄联邦境外时，可免交关税和办理海关手续时所应交纳的其他费用（海关规费除外）。
马加丹特别经济区是在俄联邦境内第二个以法律形式确定特惠制度的特别经济区。俄联邦第一个特别经济区在加里宁格勒州，该经济特区于1996年1月根据俄总统签署的《加里宁格勒州特别经济区法》建立。